Langevin 动力学

Friction coefficient (amu/ps) and random seed

• bd_fric = 0 ； Brownian 动力学摩擦系数。默认为0 ，单位为[amu ps-1] 。当bd_fric=0，每个粒子的摩擦系数由质量除以tau_t 算出。
• ld_seed = 1993 ； 用来为Brownian 动力学模拟随机温度噪音提供初始随机数。默认为1993[整数] 。当ld_seed = -1 ，随机数通过(time() + getpid()) % 1000000给出。当使用多处理器时，每个处理器的随机数为给出。当使用多处理器时，每个处理器的随机数为ld_seed 加上处理器编号。

能量最小化

Force tolerance and initial step-size

emtol = 10 ； 最大容许力。默认为10.0 ，单位为 [kJ mol-1 nm-1]。当最大作用力小于此值，认为最小化过程收敛。

emstep = 0.01 ； 起始步长。默认为0.01 ，单位为[nm] 。

Frequency of steepest descents steps when doing CG

nstcgsteep = 1000 ； 经过多少步共轭梯度优化后，执行一次最速下降。默认为1000 ，单位为

[steps] 。

nbfgscorr = 10 ； L-BFGS 优化中纠正步骤数，默认为10 。步数越多越精确(至少理论上是这样) ，运算越慢。

壳层分子动力学

当壳层或弹性限制存在于系统中，每一步都进行壳的位置和弹性限制的长度的优化，直到力均方根小于emtol ，或者迭代步数达到niter 。

Force tolerance and initial step-size

emtol = 10 ； 力最大值小于此值认为优化收敛。默认为 10.0 ，单位为[kJ mol-1 nm-1]。对于壳层分子动力学，此值应不超过1.0 ，由于此变量还用于能量最小化，默认值设为10.0 。

Max number of iterations in relax_shells

niter = 20 ； 优化壳位置和弹性限制迭代步骤的最大值。默认为20

Step size (ps^2) for minimization of flexible constraints

fcstep = 0 ； 优化弹性限制的步长。默认为 0 ，单位为 [ps2] 。应该为mu/(d2V/dq2) ，mu为弹性限制中两粒子的折合质量，d2V/dq2 为势能在限制方向的二阶偏导。

测试粒子插入

rtpi = 0.05 ；测试粒子插入半径。默认为0.05 ，单位为[nm] 。

输出控制

Output frequency for coords (x), velocities (v) and forces (f)

• nstxout = 1000 ； 在轨迹文件中写入坐标(x) 的频率。默认为 (100) ，单位为 [steps] 。
• nstvout = 1000 ；在轨迹文件中写入速度(v) 的频率。默认为 (100) ，单位为 [steps] 。
• nstfout = 0 ； 在轨迹文件中写入力(f) 的频率。默认为 (0) ，单位为 [steps] 。

Output frequency for energies to log file and energy file

• nstlog = 1000 ； 在log 文件中写入能量的频率。默认为 (100) ，单位为 [steps] 。
• nstcalcenergy = -1 ；计算能量的频率，默认为-1 。一般应该和nstlist 相同或者是nstlist 的倍数。
• nstenergy = 1000 ； 在energy 文件中写入能量的频率。默认为 (100) ，单位为 [steps] 。

Output frequency and precision for .xtc file

• nstxtcout = 1000 ； 在xtc 文件中写入坐标的频率。默认为 (0) ，单位为 [steps] 。
• xtc_precision = 1000 ； 写入xtc 轨迹的精确度。默认为 (1000) ，单位为 [real] 。

selects the subset of atoms for the .xtc file

xtc_grps = ； 写入xtc 文件的组group(s) 。默认为整个系统( 如果nstxtcout 大于0)

Selection of energy groups

energygrps = ； 写入energy 文件的组group(s) 。