一、预处理

title = OPLS Lysozyme MD

标题，可任意定义（最长64 个字，简单点好）

cpp = /lib/cpp

预处理器，与C/C++ 的预处理器一样，默认为（/lib/cpp ）

include =

• 引用文件，即拓扑文件中引用其他文件的路径，引用方式与C/C++
• 引用一样：格式：-I/home/../include -L/home/../lib

define =

• -DFLEXIBLE ； 预定义。默认无预定义。可以使用预定义方法控制模拟进程。
• -DFLEXIBLE 会告诉grompp ，采用柔性的水代替刚性水到拓扑结构，这对于共轭梯度或采用柔性的水代替刚性水到拓扑结构，这对于共轭梯度或l-bfgs 是必要的，而且可以使最陡下降法效果更好。
• -DPOSRES 会告诉grompp 包括posre.itp 到拓扑结构，用于位置限制动力学模拟。

二、模拟控制

integrator = md ； 动力学模拟方法，即整合牛顿力学定理的方法，根据模拟目的不同选择不同。选项：

动力学模拟方法，即整合牛顿力学定理的方法，根据模拟目的不同选择不同。选项：

• md ： 使用跳蛙算法(leap-frog) 整合牛顿定律。
• sd ： 另外一种跳蛙法统计整合(stochastic dynamics)。使用这个选项时，某个或者某些原子组。使用这个选项时，某个或者某些原子组(tc_grps) 的温度设定为某特定温度(ref_t[K])，这些组运动反方向的摩擦常数可以设定为某一个值，这些组运动反方向的摩擦常数可以设定为某一个值(tau_t[ps]) 。tcoupl 参数在这个选项中被忽略。这个参数的随机算子由ld_seed 设定。(NOTE: 这个方法中温度偏差的回原要比使用这个方法中温度偏差的回原要比使用Berendesen 热浴方法快一倍，即使使用相同的tau_t 值。)
• bd ： 使用Euler 整合方法处理Brownian 或者坐标Langevin动力学模拟，模拟中的粒子的速度为所受力除以摩擦因子动力学模拟，模拟中的粒子的速度为所受力除以摩擦因子(bd_fric[amu ps-1) ，加上一个随机的热力学噪音(bd_temp[K]) 。当bd_fric=0时，模拟粒子的摩擦因子为其质量除以tau_t ，这与sd 方法一致。随机算子由ld_seed 指定。
• 以下几种算法不是integrators ，但是也在此处指定，主要用于能量最优化模拟等。
• steep ：使用最速下降法进行能量优化，能量优化最大位置移动用emstep[nm]设定，能量最大容忍度由设定，能量最大容忍度由emtol[kJ mol-1nm-1] 决定。
• cg ： 使用共轭梯度法进行能量优化，能量最大容忍度为emtol[kJ mol-1nm-1]决定。在进行最速下降法能量优化之后再进行一次共轭梯度法能量最优化是十分有效的能量最优化综合方法，可以使用nstcgsteep 设定。在要对能量优化进行常态分析时，最好使用双精度的GROMACS，以保证较高的精确度。
• l-bfgs: 根据low-memory Broyden-Fletcher-Goldfarb-Shanno approach进行的准牛顿算法能量优化。实际中似乎比进行的准牛顿算法能量优化。实际中似乎比cg 收敛更快，但由于必须进行纠正步骤，还没有实现并行。
• nm ： 对tpr 文件中的系统结构进行常态分析。GROMACS 必须为双精度。
• tpi ： 插入测试粒子（Test particle insertion ）。拓扑结构的最后一个原子为测试粒子。

Start time and timestep in ps

• tinit = 0 ； 模拟开始时间。默认为0 ，单位为[ps] 。( 能量最小化用不用，只针对integrator 为md 、sd 和bd 的情况)
• dt = 0.002 ；时间步长(2fs) 。默认为0.001 ，单位为[ps] 。( 能量最小化用不用，只针对integrator为md 、sd 和bd 的情况)
• nsteps = 50000 ；最大模拟步数。默认为0 。

For exact run continuation or redoing part of a run

init_step = 0 ；开始步骤，默认为0 。第i 步的时间由下式计算：t = tinit + dt*(init_step + i)。自由能lambda 由此计算：lambda = init_lambda + delta_lambda*(init_step + i) 。非平衡模拟参数依赖于模拟步数。所以重启停止的模拟或重做某部分模拟时，必须设定init_step 为重启那一步。tpbconv自动完成此工作。

mode for center of mass motion removal--- 质心移动

comm_mode = Linear ； 对系统或者系统中各个组质心的操作，有三种选项：

• Linear ：移动质心的平动;
• Angular ：移动质心的转动和平动;
• No ：不对质心进行任何操作。

number of steps for center of mass motion removal

nstcomm = 10 ； 对质心进行操作的频率，默认为10 ，单位为[steps] 。

group(s) for center of mass motion removal

comm_grps = 对质心进行操作的组，可以是索引文件中的一个，或者多个组。默认为整个系统。