LEfSe软件安装

看网上安装lefse软件很多都是通过conda直接安装的，非常简单，conda install lefse就成功了，我就没有这么好的运气了，通过conda直接安装lefse就是不成功。

没办法看网上还有怎么安装的，下面是安装过程。说明：Windows可以通过虚拟机，docker，conda，wsl安装，本人是在Linux上安装的，Windows上除了conda其他三个都是模拟的Linux环境。首先到网上下载lefse脚本或者说是源码，网址：https://bitbucket.org/nsegata/lefse/src/default/。

这里下载需要使用hg软件，hg软件安装参加https://www.mercurial-scm.org/wiki/TutorialInstall，然后

hg clonehttps://bitbucket.org/nsegata/lefse

就下载到本地了，里面是用python2写的脚本，依赖的R包和python2包在requirements.txt文件里，安装即可。这里会因为版本出现问题，主要是rpy2和matplotlib。依赖包成功安装就安装好lefse了。
下面是具体安装命令

# 安装miniconda(假设已安装)
# 创建虚拟环境并安装python2.7和R3.6，R版本不能低于3.5，因为mvtnorm包要求
conda create -n lefse python=2.7 r=3.6
# 激活lefse环境
source activate lefse
# 下载lefse脚本(假设已经安装hg)
hg clone https://bitbucket.org/nsegata/lefse
# 先安装R包# 创建R包安装脚本
cat > installr.R << EOF
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
package_list <- c("splines","stats4","survival", "mvtnorm", "modeltools", "coin", "MASS")
for(p in package_list){  
  if(!suppressWarnings(suppressMessages(require(p, character.only = TRUE, quietly = TRUE, warn.conflicts = FALSE)))){    
    install.packages(p)    
    suppressWarnings(suppressMessages(library(p, character.only = TRUE, quietly = TRUE, warn.conflicts = FALSE))) 
  }
}
EOF
# 运行安装脚本依赖R包就安装好了
Rscript installr.R
# 安装python包
# 先安装numpy和matplotlib，我是直接通过conda安装的，pip也可以
conda install numpy matplotlib
# 安装rpy2# 需要取网上下载安装包手动安装，也尝试用conda安装，失败
# rpy2包不能太高，我用的2.8.6
wget -c https://files.pythonhosted.org/packages/32/54/d102eec14f9cabd0df60682a38bd45c36169a1ec8fb8a690bf436cb6d758/rpy2-2.8.6.tar.gz
# 解压并进入
tar xzvf rpy2-2.8.6.tar.gz
cd rpy2-2.8.6
python2 setup.py install
# 如果到这里没出问题就OK了

一般来说到这里就该结束了，不过再补充一点。

通过docker安装lefse应该更方便一些，我看有lefse的镜像，不过pull不下来，可能是网络原因。使用docker从Debian或者Ubuntu构建应该很容易，我尝试了Ubuntu16.04(wtanaka/ubuntu-1604)，从16或者18的好处是python2是默认的python版本，官方仓库有现成的python2的rpy2包、numpy包、matplotlib包，R的官方仓库版本尽管很低，不过可以按照R语言官网说明升级R，这样echo "debhttps://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntuxenial-cran35/" >> /etc/apt/sources.list，然后添加key就可以，这里是xenial的升级方法，apt update更新就可以安装高版本R了。lefse从网上下载脚本即可，甚至Ubuntu18仓库里就有lefse软件。就是docker启动容器的时候命令比较长，需要挂载文件夹。

最后希望大家可以用conda直接安装lefse软件。

参考：

https://bitbucket.org/biobakery/biobakery/wiki/lefse

https://www.cnblogs.com/jessepeng/p/11610045.html

https://bitbucket.org/nsegata/lefse/src/default/

https://www.mercurial-scm.org/wiki/TutorialInstall